宇宙在短暂的平静后，归墟之力的光辉逐渐黯淡。零的机械心脏跳动声变得微弱，艾琳娜的星纹能量开始紊乱，薇拉的剑刃上永恒之火也失去了往日的炽热。三人在时空夹缝中分离，各自回到原本的维度，但他们都能感受到，某种更加危险的存在正在黑暗中苏醒。

在赛博坦城的废墟中，零艰难地从瓦砾中爬起。他的机械义眼闪烁着不稳定的光芒，身体的纳米装甲布满裂痕。城市里到处都是熵变仲裁者留下的残骸，但零敏锐地察觉到，空气中依然弥漫着虚熵物质的气息。更让他不安的是，他的意识深处不时闪过一些模糊的画面——某个神秘的黑袍人正在收集熵核碎片的残渣。

\"必须找到真相。\"零握紧拳头，金属关节发出咯吱作响的声音。他拖着残破的身体，潜入城市的地下网络。在那里，他发现了一个被加密的数据库，里面存储着大量关于熵寂教团的机密文件。当他试图破解这些文件时，突然遭到一股强大的意识攻击，无数虚熵构成的触手从数据洪流中伸出，缠绕住他的意识。

与此同时，艾琳娜回到了银河系悬臂边缘。她的观测站已经成为一片废墟，但幸运的是，归墟共鸣探测器的核心部件被保留了下来。她开始重新组装探测器，试图监测宇宙中虚熵物质的动向。然而，每次当探测器即将完成时，总会遭到一股神秘力量的干扰，所有数据都被篡改。

\"有人在阻止我。\"艾琳娜皱起眉头，星纹刺青在她的皮肤上发出微弱的光芒。她决定前往银河系中心，那里是归墟力量的重要节点，也许能找到答案。在前往的途中，她的飞船多次遭遇不明飞行物的袭击，这些飞行器的设计风格既不属于已知的任何文明，也不像是熵寂教团的产物。

在魔法大陆，薇拉回到了禁忌之海的岸边。她的青铜罗盘失去了光芒，剑刃上的道纹也变得模糊。她开始寻找那些被唤醒的战士，希望能从他们那里得到线索。但当她找到其中一位战士时，却发现对方已经被一种奇怪的力量控制，眼神空洞，身体周围环绕着黑色的雾气。

\"这不是虚熵物质。\"薇拉警惕地握紧剑，\"这是...一种更古老、更邪恶的存在。\"她试图用永恒之火净化战士，但火焰却在接触到雾气的瞬间熄灭。在激烈的战斗中，她从战士口中听到了一个陌生的名字——\"混沌之主\"。

三个维度的危机看似独立，却又隐隐有着千丝万缕的联系。零在破解数据库时，发现了一份关于\"混沌之主\"的古老记载；艾琳娜在银河系中心的遗迹中，找到了描绘混沌之主的壁画；薇拉在与被控制的战士战斗时，青铜罗盘偶尔会发出微弱的共鸣，指向某个神秘的方向。

在宇宙的某个未知角落，一个巨大的黑色漩涡正在形成。漩涡中心，一个身披黑袍的身影缓缓浮现。他的手中握着一块散发着诡异光芒的水晶，水晶中封存着无数熵核碎片的残渣。\"归墟的守护者们，你们以为打败了熵寂教团就结束了吗？\"黑袍人发出低沉的笑声，\"真正的游戏，现在才刚刚开始。\"

随着黑袍人的话语，宇宙各处开始出现异常现象。一些星系的恒星突然熄灭，化作冰冷的暗物质；某些星球的时空发生扭曲，形成了吞噬一切的黑洞；还有一些文明的科技突然倒退，陷入混乱与毁灭。这些现象的发生毫无规律，却又像是某种未知力量在进行着某种实验。

零、艾琳娜和薇拉感受到了宇宙的危机，他们不约而同地决定再次寻找彼此。零利用赛博坦城残留的科技，制造出了跨维度通讯装置；艾琳娜通过调整归墟共鸣探测器，定位到了其他两人的位置；薇拉则在青铜罗盘的指引下，找到了连接不同维度的传送门。