清军退过鄱阳湖后沿湖构筑水寨炮台，陆师转向防御，水师却活动得越来越频繁，时不时就跨湖骚扰红营的水寨和沿湖的村寨、城镇，清军有水师之利，在湖中肆意驰骋，想在哪里登陆便在哪里登陆、想要袭击何处便能袭击何处，搅得鄱阳湖一线的红营控制区一塌糊涂。

但红营除了被动防御以外却没什么好办法，在赣江、锦江这些内河地区，水面相对狭窄，布置炮台火炮，再辅以少数民船改造的船舰就能封锁江面，可鄱阳湖水面多达四千余平方公里，根本不可能靠陆上炮台就能锁死，民船改造的船舰脱离了陆上火力的掩护，在清军正规的水师战船面前，也是不堪一击的。

红营的水师，水手倒是好找，将渔民发动起来稍加训练装备即可，清军的水师水手来源也大半也是如此，而且清军的内湖水师战前大多是干着缉查走私、敲诈勒索的活，开战后又长期只作为清军陆师的辅助，帮着运输物资粮草、兵马火炮，疏于训练、早就腐朽不堪，直到岳乐准备退过鄱阳湖之后才派人专门将水师整训重编。

双方的人员素质之上，可以说是站在同一起跑线上，而红营一贯比清军跑得快，水手和水师战士相比于清军来说，在短短的一段时间里就已经有了质的差距。

可船舰相比清军却差距甚远，大多改造自民船，大型的基本都是商船、粮船改造，中型的则是龙舟样式的长船，还有许多渔船、舢板改造的小型船舰。

这些船只大多船体脆弱，承受不了多少火炮的后座力，搭载的火炮有限，威力小、射程近，面对清军的鸟船、乌尾船之类的正规战船，对炮完全处于劣势，需要顶着清军船舰的炮火冲到几乎能跳帮搏战的距离，搭载的火炮才有把握将清军的战船轰毁轰沉，可若是真的冲进了那个距离，那还不如直接跳帮夺船。

但即便是跳帮搏战，船舰的差距也给红营带来了很多负面的问题，一则民船改造的船舰不如清军的战船坚固，在跳帮前的碰撞之中就很容易被清军战船撞翻倾覆，实际上清军水师与红营水师交战之时，往往便会挑选精锐的大船作为先锋，直接驾船鼓帆顶着炮火直冲红营的船队，将红营的船舰撞翻、队列冲散，后续的清军船队再顺势掩杀，这种莽夫一般的战术，却屡试不爽。

其次民船改造的船舰大多不如清军的战船高大，红营的水手和战士跳帮夺船之时，往往就需要仰攻，清军在船舷两侧往往都竖起向外倾斜的厚木板充当胸墙，木板上都设有枪眼，透过枪眼便能用轻炮铳弹直接轰击爬船的红营战士，红营战士和水手要夺取一艘清军战船，经常要负上数倍于那艘战船的清军水手兵卒人数的伤亡。